《读史方舆纪要》中记“涠洲巡司，在海中涠洲山上，洪武三年置。”又记：雍正年间，涠洲先后列入海安营守备和龙门左营海巡范围，并且与海口的海巡联防，定期会哨。
又记：涠洲岛前明设防海游击兼守珠池。”从《读史方舆纪要》中，我们可以了解到涠洲岛在明代的相关信息如下：天气晴朗时，在北海可望见涠洲；洪武三年（1370年），设涠洲巡检司；万历六年（1578年），迁移雷州的农民去开垦涠洲，耕种住其地；万历十八年（1590年），设游击驻军岛上（明沿边与要地驻军有游击将军，无品级，无定员，位次参将，明初多以功臣、外戚充任，分掌驻地防守应援，后定游击从三品。清绿营兵军官有游击，秩从三品，位次参将，为将军、督、抚、提、镇分领营兵的军官）；当时涠洲游击营统领的大小战船达四十艘；明代涠洲属雷州遂溪县辖；涠洲岛称大蓬莱，斜阳岛又称蛇洋洲，亦名小蓬莱；当时涠洲岛与内陆之间的海域有野马渡海而过，亦名马渡；涠洲珠池列入军队管理。
明代崇祯八年（1635年），游击将军张绍良题写的《永安营所题名碑记》中也记：“涠洲者，古之小蓬莱也。孤悬溟渤中，四望无际。斜阳岭屹峙于南，六珠池环互于北面，东西雷廉琼崖交趾，如碁错而不可睥睨。神宗十八年，始设游击将军驻扎于此，因改今名。
是时，游击为漳南陈公起元，其峰敕莅止也。披荆莿开草蓬，建城堡创衙宇。已乃招兵抚民而涠洲遂成重镇焉。辖钦州守备一、龙门乾体把总二、廉州卫一、千户所六、标下一中军官、牙山左右部三、战船六十艘、官兵一千八百员名。雄视海天，鲸鲵灭迹，故朝廷无南顾之忧焉。
后因涠洲峻石峣岩，泊舟匪便，二十七年，适有开采之役，遂移驻涠洲游击于永安所……”清《廉州府志》中“涠洲”碑文篇中，对涠洲的记载犹为详尽：“涠洲在雷州府遂溪县西南二百里大海中，内有八村，山多田少，洲人以捕鱼为业。上有温泉，产黑泥，綄衣使白如雪。前为蛇洋洲，各有山阜，缥缈烟波间，可望而不可即。涠洲旧为遂溪属地，雍正九年（1731年），雷周民颜福初呈请垦涠洲田地，经遂溪县详议，事属难行，遂寝。乾隆七年（1742年），巡抚广东都御史王安国檄雷琼道张珆美转委东场司巡检严熊随带书算，丈得涠洲南面十二里，东西十里，北十里，周广四十里。自遂溪县陆路渡涠之处有二，一在草滩港，一在乐民港，计陆程均一百四五十里，北至廉府海道一百八九十里，至龙门岛前明驻游击署址尚存。”“康熙元年，迁界后户口安插雷廉间而无居人矣。洲内村基八处，面面皆山，山麓大小，水坑三十有一，籍资灌溉，可作水田者约二十三顷零，余旱田七十五顷零。山岩不产竹木，器具薪樵之属，无所取材。又洲形如蟹，船只收泊，风信不顺，难于进澳。
设兵安塘，所费不赀，开垦之议复寝。乾隆十八年（1753年），知府周硕勳因海面巨洲，介在雷廉，漫无专辖，恐聚匪藏奸，请饬水师相机控制。旋经高州总兵官杨永和以安民开垦，固属难行，防范稽察不可不密。查雷协海安营距涠洲六百余里，龙门协永安营距距涠洲一百五十余里，涠洲本隶雷郡，若海安营因相隔路遥而竟置不问，殊非定界分疆之道。若永安营因涠洲非廉郡所属乃近在肘腋竟漠不相关，亦非急公趋事之义。因令龙门协副将、海安营游击每年上下班统巡时，各赴涠洲亲查结报。月巡应归用安营守备，以专责成，议上两院通饬遵行。”“嘉庆十二年（1832年）间，洋匪与岸匪相通踞为贼巢，两广总督百龄巡边至雷，饬洲内居民徙入雷廉，居室田亩尽毁。十五年（1835年）招安。海寇洋面始靖，因勒碑封禁，以垂永远。”关于清代的禁海，清史稿·食货志》户口田制”中有记：“棚民之称，起于江西、浙江、福建三省。各山县内，向有民人搭棚居住，艺麻种箐，开炉煽铁，造纸制菇为业。而广东穷民入山搭寮，取香木舂粉、析薪烧炭为业者，谓之寮民。雍正四年，定例照保甲法一体编查。乾隆二十八年，定各省棚民单身赁垦者，令于原籍州县领给印票，并有亲族保领，方准租种安插。倘有来历不明，责重保人纠察报究。五十五年（1790年），谕：广东总督奏称，撤毁雷、廉交界海面之涠洲及迤东之斜阳地方寮房，递回原籍，免与洋盗串通滋事，并毁校椅湾等三十二处寮房共百六十二户，另行抚恤安插。沿海各省所属岛屿，多有内地民人安居乐业。若遽饬令迁移，使数十万生民流离失所，于心何忍。
且恐办理不善，转使良民变而为匪。所有各省海岛，除例应封禁者外，馀均仍旧居住。至零星散处，皆系贫民，尤不可独令向隅。
而渔户出洋探捕，暂在海岛搭寮栖止，亦不可概行禁绝。且人民既少，稽察无难，惟在各督抚严饬文武员弁编立保甲。如有盗匪混入，及窝藏为匪者，一经查出，将所居寮房概行烧毁，俾知儆惧。其渔船出入口岸，务期取结给照，登记姓名。倘进口时藏有货物，形迹可疑，严行盘诘，自不难立时拏获也。”这里记载的涠洲在清代的开发和禁海史实资料，使人们对涠洲的社会生活有了更进一步的认识。
清代合浦县令俞功懋写了一篇《涠洲说》，其中记述：水中可居者曰‘洲’。居于海者大率洲其统名。而星罗棋布，天池巨浸间者，不知凡几。以东粤论之，琼州即一大洲，故名琼岛。此处之外，以洲名者更僕难数。而晋刘欣期撰交州记，独记合浦八十里有涠洲，周围百里考之。前代，合浦郡兼辖琼雷而自分郡以来，则涠洲属雷州之遂溪县椹川司。交州记云合浦有涠洲，盖从其朔言之也。
唐制，椹川有巡司，在椹川村遥领涠洲，宋元因之。明初置涠洲巡检在洲，嗣因海警设涠洲游击，名为防海兼守珠池。分左右二部击牙山营大小兵船均隶涠洲营，近百数。洲有游击署，乾隆时遗址尚存。嘉庆十一二年间，海贼张郑二寇及乌鸦二乌石二伍细青阿婆带等恶氛正炽，洋匪与岸匪通踞为巢，不得以，饬洲内居民分徙雷廉，庐舍尽毁，田亩荒芜。至十五（1835年）年，洋面既靖，遂勒碑永远封禁，盖与康熙初年迁界安插洲民一空之办法略同。
议者总以设兵安塘所费不赀，置戍开垦事属难行，且谓山石峻岩，不产竹木，所需器具，薪樵之属，无所取材。又谓洲风信不顺，难于进澳。故雷冀其去，廉厌其来，几同瓯脱。究其海面巨洲，介在雷廉，浸无专辖，聚匪藏奸，诚非细故。
旧志，遂溪县西向二百里海中有涠洲，山有三池产珠，周围皆海，周七八十里是涠洲。殆即媚川都五洲七洲之外洲也。”“又载，廉郡珠母海中有涠洲，周百里，昔有野马渡此，亦称马渡。则于廉不远矣。洲形如蟹，团团成匡，前各记百里或七八十里，盖大略也。实丈得周广四十里，其南面稍赢二里，两旁差出双螯，宛然攫抱磐石，漩涡守风，寄椗八村跪列，面面皆山，山麓大小，水坑三十一，引其泉灌田，可开水田旱田近百顷。山多田少，余夫以采海为生或类珠户。涌出温泉不難而热。又产黑泥，擀衣皜白，是名大蓬莱。其阳有蛇洋洲，特起山阜涠里数，略狭。与涠洲相对，波光云影，紫翠空濛。殆可比三神山，故名小蓬莱。澒洞万顷，中俨以横行者，互乎其间，复以宛蜓螾屈者，俪乎其左。意者造物之无心结构矣。
俗以合浦县丞为山口左，又谓永安左或讲归廉之拟移县丞驻涠洲。稍资弹压。然如雷琼道兼辖廉州，实一府则料理兵饷，只海南一府不过遥制海北，免孤悬海外之势。莫高雷廉总官兵取给于三府，故雷属地丁拨饷全解高廉道，不只高廉雷兵备道也。
涠洲有二道焉，一草滩港，一乐民港，计陆程均一百四五十里，方渡洲北距廉州龙门岛则一百八十里海道径达合浦，为廉郡附郭。虽北海陆路六十里珠场巡检司在北海，由北海以望涠洲，天气晴朗隐约可见。米船往返顺风，一日洋面对渡八十里，与交州记符。
冠头岭近北海旧设炮台距涠洲八十余里……”《海国见闻录》：外洋有涠洲，当雷廉琼三郡之中，惟盛夏南风大作不可停舟，余时皆可湾泊，盗船便于憩息，则此涠之利害久矣。近来，村基重开，寓客家四五千人都入教也，亦有书塾习应，制诗文补。遂溪县学弟子员数名其举秀才者，村氓奉为乡望。
此洲为廉洋门户，殆作外围之篱藩，而可以固吾围乎，故别名曰：涠洲。
按划涠洲归合浦管辖，而以永安巡检司移驻。事在光绪二十余年。”“涠洲”碑和《涠洲说》不但是全面完整地详述涠洲史迹的重要文献，其中关于涠洲沿革归属的记述，更是后世了解涠洲的重要依据。
又如，宋代周去非在《岭外代答》中还记：卢循昔据广州，既败，余党奔入海岛，野居，惟食蚝蛎，垒壳为墙壁。”《广东新语》中记：吾粤三面阻海，而南奥为左蔽，涠洲为右翼，虎门为前屏，此皆险要。”“遂溪有温泉，在涠洲，其泥黑，以浣衣可白如雪。”“廉州府：珠母海府东南八十里巨海中。中有七珠池：曰青莺，曰杨梅，曰乌泥，曰白沙，曰平江，曰断望，曰海渚。后为五池，其东为断望、对达二池，无珠；西为平江、杨梅、青莺三池，有大蚌，剖而有珠。今止以三池名所谓合浦珠也。南汉刘鋹于合浦置媚川都，令人入海采珠，溺死者甚众。宋开宝五年，诏废之。明嘉靖二十二年诏采珠，二十四年复采，寻以碎小不堪用而止。海中有围洲，周回百里，昔有野马渡此，亦名马渡。”清代张渠撰《粤东闻见录》中记：遂溪有涠洲、蛇洋洲。二山相峙，旧名大蓬莱、小蓬莱。”清工部尚书杜臻《粤闽巡视纪略》记：涠洲……古名大蓬莱，有温泉黑泥可浣衣，使白如雪，前为蛇洋洲(今斜阳岛)，周四十里，上有蛇洋山，亦名小蓬莱。”清人邱对颜有《涠洲》诗一首：涠洲对冠岭。中若隔一发。潮势俨盤旋，山形恍环缺。
其前一门岈，其后众需兀。泊可容百周，屯合聚千卒。
有草翳而蒙，有泉清以冽。飓作罕惊虞，帆飞频出没。
地气殊膏腴，渔人常窟宅。尉此雄岩都，何异神仙阙。
胡不筑城寨，徒弃作巢穴。往者浮鲛鰐，此区成鼠竊。
倘使集鹳鹅，蝼蚁焉能窃。珠崖秀文明，汉世犹阔绝。
区区魏中梁，端赖人造设。况此本咽喉，尤宜城壅铁。
下以联琼琯，上以扼交越。龙门兵雄多，拨守莫易辙。
暇则安耕耨，变则严简阅。境是六鼇戴，兵乃五兵擎。
从这些历史典籍的记述中，我们看到了一个精彩纷呈的涠洲。
此外，由于涠洲所处的特殊的地理位置，历史上发生的海盗战事在史籍中也多有记载。如：万历三十五年（1607年），十二月 安南海寇翁富等人率领700余人从龙门港登岸袭击钦州。百户吕朝炯越城逃走，学正李嘉谕被杀。次日，翁富等人在城中大肆掳掠，杀百姓200余人，并焚烧东门城楼及城外房屋。次年正月，复人寇龙门，涠洲中军守备祝国泰率兵抵御，官兵全部阵亡。
乾隆五十四年（1789年）八月，两广总督福安康制定缉捕海盗章程，将涠洲、斜阳二岛居住之无籍贫民逐回原籍，所居草寮概行烧毁。
乾隆五十五年（1790年），艇匪啸聚肆掠，总督福康安简练水师，募奇才异能者领之。标技勇绝伦，且生长海壖，习知水道险易，能久伏水底，视物历历可数，特被识拔。是年夏，海盗吴昌盛等寇龙门，奉撽率水师随阳江协副将林国良进剿，昌盛败遁，追至涠洲，擒之；并其党三十三人，皆伏诛。复剿狗头山盗，录功补都司。
乾隆五十七年（1792年）九月，军机大臣议：以涠洲飓风猛烈，难久建兵房，令毋须派官兵驻防，令从海安、龙门二协，营水师各拨兵150名，令千总、把总、外委各一员，各率兵75名，配驾哨船，令赴该岛及其附近斜阳岛更番巡查。
嘉庆元年(1796年)十一月，朝廷派出三十余艘兵轮，进入涠洲、龙门、硇洲海域围剿海盗。
嘉庆十年(1805年)四月，在涠洲获贼船四，擒贼八十余名。六月，广东海盗在“立合约”的基础上实现了大联合。
参与订立“合约”的共有7位帮主，敛财物岁计银不下十万两，而涠洲、阑洲孤悬海外,遂据为巢穴。李相清、吴知青又朋比以益其势,由是东中西三路俱扰。中外商民不安业者弥年矣”。
光绪十一年（1885年）七月，琼州道员乘兵轮在洋面遭到袭击，发生了战斗。冯子材曾派副将梁正源率水师巡海，在涠洲岛附近与“海盗”相遇，发生了激烈的海战，官兵被打死打伤多人，“海盗”船乘风归去，梁正源则“未敢穷追”。11月，又一次遭遇，曾“激战三时”之久。1886年初，又在白龙尾大战，5艘“海盗”船一齐向官船开炮，战有半日，未分胜负。
最著名的还有张保仔。张保仔，又名张保，江门人，生于清乾隆年间，具体年份无考。其父是渔民。张保仔自小随父出海捕鱼，15岁那年，一次在海上捕鱼时正遇海盗郑一率众劫掠江门，将其掳去，收为义子，后当了头目。
张保仔治盗极严，尤其禁止部下奸淫、乱杀百姓，且赏罚分明。他还立下三条纪律：一是私逃上岸者，谓之反背，捉回插耳刑示众后立杀；二是凡抢夺的货物，不得私留，当众清点，二成归抢者，八成充公入库，凡私窃者立杀；三是掳掠来的妇女，不许污辱，询籍注薄，隔舱分住，有犯强奸者立杀。还规定向百姓购买东西，须高价付钱，如有强取者立杀。因而得到群众援济，粮食火药充足。
张保仔还借助迷信手法服众：先把自己的主张私下告诉道士，然后在“神楼船”召开大小头目会议，经商议后由道士求神问卦取决。道士将保仔的意见作为神的意旨，使部属深信不疑，言听计从。由于行动计划安排周密，因而往往取得预期效果。张保仔被部属视若神明。由于张保仔治盗有方，前来投靠的人不断增加，成为当时各帮海盗中最大势力的一派。
全盛时期，有部属7万多人，大小船舶千多艘。大船上装有大炮，备有不少短刀、长矛等；小船装有旋转炮，盘踞于广东西路的高州、廉州、雷州、殖州、钦州、儋州、崖州和万山群岛等沿海。
张保仔有大本营所在地，据史料记载，张保仔在大本营设在涠洲和硇洲。道光年间温承志著《平海纪略》载：……而涠洲孤县(悬)海外，遂为贼(指张保仔)之巢穴”。……凡涠洲、匈洲各岛屿为贼所据者，公命承志与赓额、誓黄樊二镇军，率偏往悉扫荡之。”这两个岛远离大陆，巡海官船不容易抵达。
据道光年间袁永伦著的《靖海氛记》载，两岛四周高山环抱，内可泊大船数百艘，是避风良港；岛内水中间有一块陆地，人蹄稀少，肥田美地，林木茂盛，鸟兽出没，是理想的驻军之地。
嘉庆十五年4月3日，张保仔率16000人到香山县芙蓉沙向清军投诚，交出大小船470艘，粮饷40多万两，刀矛等军械3万余件。张保仔投诚后，取名张保，授千总之职，积极剿灭海盗，为平定广东沿海海盗立下战功，受朝廷赏识，奖戴花翎，擢升守备，不久擢升为顺德营都司。嘉庆二十四年，擢升为福建闽安副将，官至三品，委任镇守澎湖。道光二年(1822年)，张保死于任上。
