明末清初南珠立名
明末清初，有“岭南三大家”之称的著名学者屈大均，为了探究广东古代四大专业市场（广州花市、东莞香市、廉州珠市、罗浮药市）之一的合浦廉州珠市，专门乘船沿海西行，来到廉州湾后，进入南流江入海支流西门江逆江而上，来到了廉州古城西门古渡的卖鱼桥。
他在《广东新语》中是这样记述这次行程的：“予尝至合浦，止于城西卖鱼桥，故珠市也。闻珠母肉作秋海棠或杏华色，甚甘鲜而性太寒。《草木记》云：采珠人以珠术作鲊，今不可得。土人饷我珠肉，腊以为珍，持以下酒，谓珠比年皆他徙，即雷州之对乐池，高州、石城之麻水池，旧多产珠，今亦无之。”这是说，他逆江而上到了廉州卖鱼桥后就下船，因为这里就是古代的珠市所在。当地的珠民用珍珠贝肉烹制甘鲜的美食，也用调料腌制的方法存藏珍珠贝肉。可惜的是，这种方法已经失传了。他一边品尝当地的珠民为他烹制了鲜美的珍珠贝肉，一边与珠民谈起珍珠迁移的情景。珠民告诉他，以前雷州的对乐珠池、高州、石城（今廉江）麻水珠池原来也是产珠的地方，但是现在都不产珠了。
从屈大均记述的与珠民的交谈中可知，当时的古珠池大部分都不产珍珠了。他到合浦的目的除了要探究珠市之外，也要了解珠池的情况。由于其它地方的古珠池都不再出产珍珠了，只有在合浦才能够考察到珍珠的生产和贸易的情况。屈大均在廉州珠市桥头的大排档里品尝了鲜美的珍珠贝肉后，兴致勃勃地去珠市采风。珠市所见使他大开眼界：“珠市。在廉州城西卖鱼桥畔，盛平时，蚌壳堆积，有如玉阜。土人多以珠肉饷客，杂姜齑食之，味甚甘美，其细珠若粱粟者，亦多实于腹中矣。”《广东新语·四市》）他不但目睹了堆积如山，像玉阜一般洁白光亮的珍珠贝，还看到了游客在品尝珠民烹制的珍珠贝肉时，不时还吃到藏在珍珠贝肉中的细小珍珠。
实地考察了廉州珠市的珍珠贸易和珠民烹制的珍珠贝肉待客的情景后，屈大均在《广东新语》一书中评述：“合浦珠名曰南珠，其出西洋者曰西珠，出东洋者曰东珠。东珠豆青白色，其光润不如西珠，西珠又不如南珠。”这就是合浦珍珠被称作南珠的开始。此后，南珠作为合浦珍珠的专有代称。因此，南珠品贵独尊，一珠难求，享誉天下。
可惜的是，1646年清军陷广州后，18岁的屈大均参加其师陈邦彦以及陈子壮、张家玉等的反清斗争，同年失败。后至肇庆，向南明永历帝呈《中兴六大典书》，不久因父病危急归。顺治七年(1650年)，清兵再围广州，屈大均为避祸，于番禺县雷峰海云寺削发为僧，法名今种，名其所居为“死庵”，以示誓不为清廷所用之意，终生不仕满清，且一直对满清采取敌视的心态。他东出山海关，周览辽东、辽西形胜，留意山川险阻，志图恢复。返回关内后，流连于齐鲁吴越间，在会稽与其他反清志士共谋密策写信导引郑成功等举兵攻入长江，克江南四府三州二十四县。后事败，清廷知屈大均参与其谋，指名搜捕。
此后，又参加吴三桂反清部队，监军桂林，不久又察知吴有野心而无谋，事必无成，就辞去。康熙二十二年(1683年)，郑成功的孙子克爽降清，屈大均大失所望，即由南京携家归番禺，终不复出，至康熙三十五年（1696年）67岁去世。由于有了这一段抗清的经历，屈大均在清代建立的很长一段时间内，被朝廷视为不受欢迎的人，他的著作经过雍正、乾隆年间三次严令禁毁，一直都处于被封杀之中，《广东新语》也在乾隆后期才能公开出版发行，南珠之说也因此未能及早在更大范围内传播。
顺治廉州“三国时代”
与此同时，廉州府作为南明王朝、清王朝、郑成功军相互争战的地域之一，廉州由此进入了十二年的“三国时代”。
1644年4月清军进入北京。明朝皇室朱由崧跑到了南京，于5月建立了南明王朝。10月，清王朝在北京成建立，当时为顺治元年。于是，清王朝与南明王朝开始了长达十八年的南北分治对立。
合浦时属明王朝的势力范围，成了这两个王朝争夺拉锯战的战场。
顺治三年（1646年）十一月，南明王朝被清军追击，退出南京后跑到广东肇庆建“都”时合浦属广东），并攻占了广西大部，作为南明王朝后方的合浦，一下子变成了前沿阵地。第二年三月，清军李成栋部总兵马汉挥师直指攻陷了廉州，逼使高、雷、廉三府同时降清。
但是，清军的军事占领并不能征服民心，时属廉州府的周边地区不停的展开反清战斗，使清军四处“平乱”，首尾难顾。不到三个月，南明镇国将军朱统鉴兵围攻廉州城，此役双方相持了三个多月，最后以朱统鉴于十月十五日攻占廉州府城告终，可是仅十天后，清军攻占了广东全境，并实行严厉的海禁，廉州成了一座“孤岛”，不久又落入了清军手中。顺治五年（1648年）四月，清军将领李成栋因不满只得了个广东提督的官职（李降清时是明朝徐州总兵），于是挟持两广总督佟养甲叛清归南明，廉州兵不血刃又归南明王朝所有。从顺治四年三月至顺治四月十三个月间，廉州城先后五次转换于清王朝与南明王朝之间，历尽兵戈战乱。自此之后，由于原明朝郑成功所部攻占了钦州的龙门，南明军队在两广的军事顺利，合浦全境得以安宁，保持了四年的稳定期归属于南明王朝。
到了顺治九年（1652年），清王朝在全国各地的军事行动取得了重大的突破，回过头来对南明王朝开展围攻。是年三月，清靖南王耿继茂全军攻破廉州府城，并活捉了南明高、雷、廉、琼四府巡按张孝起。张宁死不降，绝食自杀。清军攻破廉州后，又乘势占领了钦州、灵山。七月南明西宁王李定国率军猛攻广西，收复广西全境后，于十一月与郑成功部会师海上，合浦复又归南明。但是，时隔三月即顺治十年（1653年）二月，清靖南王耿继茂部又再次围攻廉州府城，是役南明守城兵将死伤惨重，道员（四品）王道光及属僚全被擒杀，可谓全军覆没。
顺治十一年（1654年）三月，南明西宁王李定国再占廉州。十月，郑成功委托其将领水陆总督林 察乘战舰与李定国会师。此时，广西抗清武装已汇集万余人响应，进行抗清斗争，支持李定国。可惜，清朝闻讯立即调集多路大军，其中包括靖南将军朱玛喇，平南王尚可喜，广西提督线国安等，合兵并击打败李定国，夺回了廉州城。此役之后，清王朝在廉州设置了总兵官，标志着清王朝完成了对廉州辖地的军事控制。从清王朝建立（1644年）到南明王朝势力最终撤离廉州（顺治十二年，1655年）历时十二年之久，合浦全境才完全归属清朝。
南明王朝与清王朝在合浦进行了为时十二年之久的拉锯战，大小战事十一次。除了合浦当时是扼两广通道，固边陲藩篱之外，最重要的一个因素，就是南明王朝希望通过掌控合浦作为与郑战功会师合兵的基地。而清王朝非常清楚地看到这一要害之处，也就不惜重兵压境，反复争夺以阻断南明王朝与郑成功的联合。无怪乎崇祯年间广东布政司参议叹曰：廉州全省藩卫也，关全省则重。关垓埏则尤重。
康熙盛世海防强军
顺治十一年（1654年）十月，郑成功部与南明政权军队共数万兵力实现在廉州湾“会师”，并攻占了时属廉州府辖的钦州龙门岛，清王朝对此大为震惊，调集总兵与平南王尚可喜会兵，攻占廉州府城后，设立了高雷廉总兵官驻防廉州。
清王朝建立之初，南明政权与之对峙了十四年，接着又是吴三桂反清，郑成功部在廉州湾沿海建立抗清据点，合浦成为主战场之一。此后又有天地会、太平天国的抗清武装，前后坚持了二十余年，合浦是下四府的结合部，又是在海上与安南（越南）相通，为了保障南国边陲的稳定，清政府始终都把廉州府的海防建设纳入朝廷议事日程的“重点项目”，贯穿都清十三朝之中。特别是清康熙年间的军事海防设置，尤见廉州府在其中之重要。
康熙年间（1662—— —1722年），清廷在廉州府的重要举措有：康熙元年（年）八月，裁肇庆总兵官，添设廉州总兵官。是年，设北海镇标及城守营于廉州府城。
是年，清廷下令，沿海居民内徙50里，设排栅，严禁出入。
康熙四年（1665年）十一月，清廷在廉州府添设沿海墩台。
康熙九年（1670年），裁广东廉州水师营，改设乾体营。
康熙十二年（1674年）十一月，新设广东分巡雷廉道，驻廉州府，管辖雷州、廉州二府。
康熙十四年（1675年）八月，吴三桂部将军王宏海，李廷栋率军攻占廉州城。俘知府徐化民，同知田钟雨投降。合浦知县金世爵战死。广东门户由此被吴三桂打破，十一月高雷总兵降吴。第二年（康熙十五年）二月，广州降吴，四月，两广悉归吴三桂。吴任命两广总督，广东巡抚，广西巡抚。
康熙十六年（1677年）六月，廉州府归清。
康熙十七年（1678年）六月，台湾郑氏总兵谢琅等率兵围攻廉州，被守城清军击退。八月，台湾郑氏部将领龙门岛后，率兵攻钦州城，被守城清军击退。
康熙十八年（1679年）八月，廉州府总兵官佟国玺率兵搜山，围捕叛叛清的原高雷总兵祖泽清及其子，于张黄山中将其父子擒获。
康熙二十年（1681年）三月，清军收复龙门岛，台湾郑氏部将杨彦迪被杀。
康熙二十二年（1683年）九月，以廉州盐田已恢复，准南宁、太平、思恩三府食廉盐。十月，以郑成功孙子已向清廷缴印投降，海疆平静，停止迁界令。俾民归故里，招垦荒地。
康熙二十三年（1684年）九月，裁廉州府总兵官，改设廉州营，驻廉州府城。改高雷镇总兵官为高雷廉镇总兵，辖廉州、钦州、电白、吴川等营。是年，设龙门水师协标左、右营，兵共1634人，船12艘，归廉州营辖。
康熙二十四年（1685年）十二月，合浦地震。是年，裁广东省乾体营游击1人，改设千总1人，把总2人。合浦建联珠书院。廉州口设海关，隶属粤海关。
康熙四十一年（1702年）八月，清廷为加强对广东瑶民的管治，改廉州府海防同知为理瑶同知，移驻广东连山县三江口，是年，两次调整高雷廉总兵官。
康熙四十二年（1703年）七月，将龙门协属之乾体营归并廉州营。原乾体营兵移驻州，改名为硇州营。
康熙五十七年（1718年）四月，广东沿海巡防分为三路，廉州府为两路。巡防区域为春江协之西至龙门协之东。龙门水师协划归高雷廉总兵官管辖。
为了加强廉州府的海防力量，清廷还又廉州湾海面设立了海上会巡制度，每月一次。至康熙五十八年（1719年），清廷令广东沿海修筑台116座，廉州府内建冠头岭，八字山、大观港、香炉、墩牙山、石龟岭炮台七座，设置大炮共30座，还在冠头岭至乾江沿海修建了战壕土垒，在乾江圩内修建了红坭城，白坭城两座城堡作防御了望工事。康熙年间是廉州海防建设最盛的时期。
雍正十年，为了强化海防管理，将合浦县丞移驻山口永安城，县丞是大县才设置的官职官，秩八品，相当于副知县一职。由此可见雍正帝对廉州海防的重视。乾隆四年（1739年），移廉州府防城同知驻龙门岛。府同知是正五品官秩，是协助知府专门处理海防的官员。此时，廉州海防职权及职能都进一步扩大。防区范围也伸延至两广沿海。
雍乾之治富甲东南
雍正十二年，清朝廷以廉州府等地民众不习惯耕种旱地，致使有大量未开垦的荒地之故派出官员前来勘查，由此拉开了廉州府大里垦荒的序幕。为了鼓励民众积极垦荒，清朝廷还出台了一系列奖励措施，其中包括免税等政策。其间以乾隆年间为最盛。 乾隆二年（1737年）二月，乾隆帝就亲笔硃批“准合浦、钦州未复额内难垦税亩，照合浦县下则税额减半”。在减税政策的鼓励下，地方府也把垦荒当作一项政绩来抓，据不完全统计，乾隆年间廉州府上报的垦荒政绩奏折不下二十起，其中有虚报，也有实绩。
如乾隆十年（1745年）六月，两广总督在给朝廷的报告中就向朝廷建议：广东产米不敷民食，高、雷、廉一带的八万余庙闲旷之地可垦种，拟详议劝垦规条。”第二年，乾隆帝就在该奏折中批复：命将该三府荒地七万余庙，给当地民人垦种，一概免其升科，并给与印照，永为世业。”由于有了这些鼓励措施，廉州府开垦荒地颇有成效粮食富足有余，朝廷一次就从廉州府仓调粮一万石供军队之需。
扩大的耕种面积之后，清朝廷又在改革农具方面出新政。乾隆二十年，廉州府决定在全境推行水车灌溉农田的措施。为了取得经验，还行文规定率先在在军队徭役田中实施。
有意思的是，乾隆五十年（1785年）八月，乾隆帝阅读了湖南巡抚陆熠所著的《甘薯录》一书后，兴趣大发，于是批示：多为刊布传钞，使民间共知其利，广为栽种，接济民贫，亦属备荒之一法。”这个批示后来被认为是清廷下令推广种植红薯的“红头文件”。
其实，廉州府早在雍正年间就有种植红薯的记载了（也有记载，明朝万历年间廉州府始种红薯）。
康熙二十二年（1683年）九月，清朝廷给两广总督下了一道命令：以高州、廉州盐田已恢复，准南宁、太平、思恩三府食廉盐。”这就是“廉盐”称呼的起源。据史籍记载，当时食盐贵如油，各地常有“盐贵，十室有九淡食”或“盐贵，民多淡食”的记述。由此可见廉盐专卖的历史背景。
雍正十一年（1733年）四月，雍正皇帝亲自朱批：“经高、廉二府私盐充斥，知府不能兼管，添设两广盐运使司运判一员”驻合浦石康。清朝在全国各地仅设盐运使司五处，分别是长芦、山东、河东、两淮、两广各设一人，官秩为三品。运判是掌管当地盐业生产及法令实施的官员，虽是盐运使的部下，官秩却是从六品，比县太爷的职务还高。由此可见朝廷对“廉盐”生产及经营的高度重视。第二年，清朝廷又再次对“廉盐”的生产销售制订新规定：一是盐场的余盐由官府收买；二是每包重量150斤，且规定了统一价格；三是每销一包（150斤）官盐带销余盐50斤，余盐不另行纳税；四是借给官银四万两作收购促销专款；五是划定廉盐的销售范围数量。雍正的这一措施有力地抑制了私盐泛滥，增加了盐税收入，更重要的是保证了各地海盐市场供应平衡。
到了乾隆年间，从乾隆元年（1736年）起，先后五次对“廉盐”的管理体制进行“改革”，并且指定各地成立“盐业局商”，各地产盐必须由“盐业商局”分配各地，同时统一核算成本，颇有“计划经济”的样子了。如乾隆元年规定：盐场附近贫苦百姓年过五十及十五岁以下，无人供养赡养者准每人日卖盐五十斤易米度日，但不得出盐场所在县界。乾隆七年，为了减轻盐民的税赋，乾隆皇帝下旨裁撤了两广盐运判，由廉州知府衙门兼管。乾隆十年又制订了两广盐法八条，加强了盐产品入库的控制。乾隆十八年在合浦设立了白石场（今廉州白石场）盐业专营机构，并规定“廉盐“在广西的销售均由知府督销，如盐引未完、州、县官照例议处，并将该定知府参劾”时廉州属广东）。这里已是实行“领导问责制”了。乾隆五十四年，朝廷又行文严查私盐，以确保“廉盐”进入湖南市场。
到了嘉庆、道光两代，对“廉盐”生产销售控制更加严格，不但规定了“廉盐”的包装规格和数量，还规定了“廉盐”的价格是每包150斤售价（官定埠价）1.7093两。而广西少数民族地区如河池埠价则超过了每包5两银。而道光年间则两次严令两广总督加强严缉私盐，并将“廉盐”的包装由150斤改为50斤以防止官商勾结作弊。凡此种种，廉盐”对朝廷的税收贡献是显而易见的。直至同治九年，随着朝廷海关及税收机制的建立和完备，廉盐”盐税并入“西税”海关）管理，有清一代“廉盐”都是独树一帜的生产营销格局。
雍乾之治，使廉州进入了一个稳定发展的时期，出现了“农桑鱼盐之利，甲於他郡”清廉州知府《廉州纪事》）的繁荣景象，文化交流也空前活跃。此间，发生了一个严禁“互歌婚配”的插曲。
雍正十年（1732年）三月，官府衙门下了一道禁令，严禁合浦歌圩上进行“互歌婚配”，违禁者将以“伤风化”处理，重者甚至被处以充军流放及至处死。
合浦歌圩古已有之。青年男女在歌圩上以歌传情，互定婚配早成习俗。歌传情，歌为媒，这种毫无遮拦的情感表达是热烈的，也许是这种情感表达最容易点燃青年男女心中的激情火花。而表述则是毫无遮拦的，因此，歌圩上的“互歌婚配”成功率也不会低。“妹阿姨，阿哥想思你无知。月大思妹三十日，月小思妹了无期。”在歌圩上，男主角就这样直截了当呼唤着与情人相见。妹又回，三朝七日你要来。三朝七日来一趟，莫让大路上青苔。”女主角这种急切的期待，跃然而出，三天七日的圩期，对这些热恋中的情人来说就是“了无期”的漫长。在“父母之命，媒妁之言”的婚姻制度下，敢于冲破传统的肓婚哑嫁，是需要多大的勇气啊！，这种自由婚恋方式与封建礼教是格格不入的。难免引起官府的反对和禁止，官府下令禁止也就在所必然的了。事实上，这种歌圩上的“互配婚姻”是难以被当时的社会环境所接受的，官府的严禁措施是有着广泛的家庭基础。
雍乾时期，发生在廉州府的重大事件有：雍正十年（1732年）二月，合浦县严禁歌圩上“互歌婚配”，八月，移合浦县丞驻永安。
雍正十一年（1733年）四月，以廉州府私盐充斥，知府不能兼管，添设两广盐运使司判一员，驻合浦县石康。
雍正十二年（1734年）清廷制定廉州余盐购、 销办法，除了南宁、太平、思恩三府外，宁明、归顺二州也销廉盐。是年，清廷令山东，河南二省派出善种旱田者，前来廉州府教习耕垦荒地。
乾隆元年（1736年）正月，两广总督奏请清廷定：盐场附贫民，年过五十及十五以下，及无依靠之孤独老妇，许每日在本境卖盐四十斤以下易米度日。廉州府照行。是年，广州粤海关在合浦设廉州口海关，兼辖山口、钦州二小口，后又设高德、西场、沙岗海关分卡。
乾隆二年（1737年）正月，廉州府粮米丰收，每石价银七钱左右，因琼州府歉收，过府采购，粮价升至每石一两一钱。二月，合浦、钦州实行税额减半的优惠政策，鼓励复垦荒田。十二月，合浦因飓风涨潮受灾，朝廷赈之。
乾隆四年（1739年），移廉州府防城同知驻龙门岛，龙门巡检司驻防城，改名防城巡检司。
乾隆七年（1742年）八月，准从廉州府仓及钦州、合浦、灵山三州县仓内拨谷一万石，运至龙门协建仓收贮，以济兵民。十二月，裁广东高廉盐运判，其事务由高、廉二府兼管。
乾隆八年（1743年）七月，广东高、雷、廉三府战船建造厂由高州迁到廉州府龙门，专造龙门协战船。
乾隆九年（1744年），廉州府奉朝廷令，严禁商贩取安南妇为妻，又于东兴街以西至竹山村沿中国边界30里种簕竹，以为边界。
乾隆十年（1345年）二月，以安南国内乱，米价必涨，命两广加强边境巡防，不准米谷出境与安南盐入境。廉州府照行。六月，两广总督向清廷奏称，高、雷、廉一带有八万余亩闲旷之地，似详议劝垦规条。十一年，朝廷准奏，开垦之地一概免税，发给印照，永世为业。
乾隆十五年（1750年）定廉州府学三年二贡，钦州府学四年一贡。
乾隆十八年（1753年）二月，以廉州府等八府渔船久居洋面，难保无抢劫商旅之弊，均应行保甲，十船编为一甲，连环互保。
乾隆十九年（1754年）二月，合浦永平司巡检地方，明成化年间曾设有分守要之狼兵、瑶兵，并给予自耕粮食之田，是年尚有俍、瑶田14418亩，兵242名。拟定，今后此田不得买卖。是年，廉州府令瑶军田使用筒车灌溉。合浦县于具城东门外建养济院。
乾隆二十一年（1756年）正月，裁合浦山口圩税关。二月，定安南米进至钦、廉，纳税每石银二至三厘，于是进口大米增多，内地米价在减。三月，以廉州府属钦州知州以下，合浦珠场巡检司等官员，五年俸满回内地分别提升。
十月，由廉州府海防同知兼管该府三州，县水利、廉州府水利则由所隶道兼管。
乾隆二十七年（1762年），改高雷廉镇为高廉镇。
乾隆三十年（1765年）十一月，改高州仓大使为高雷廉道库大使。
乾隆五十年（1785年）八月，乾隆令广种红薯，此为清廷下令推广红薯之始。而经查核，廉州府属地种红薯实于明“万历始有之”。
乾隆六十年（1795年）三月，合浦县典史邓廷相自雇乡勇，乘渔船八只出洋捕海盗立功受奖，进京引见。
嘉道纷扰海门雄关
嘉庆、道光之际，是清王朝由盛向衰的转折期。而在此期间，廉州府的社会经济却呈现全面发展的势态。首先是农耕方面，道光初年，木薯种植就传入了廉州府，之后又向广西的桂平、贵县，宾州等地传播。今天人们谈起木薯，总以为是广西传入广东的，其实是误解了。
合浦气候适宜，土地肥沃。但农耕的发展至明清时期才进入成熟期。主要原因是当地土著居民因历史上采珠业及海捕业的优势而不注重农耕，直至明朝中后期，特别是清中期的太平天国之后，大量客家人迁入合浦境内，带来了中原的农耕技术和工具，也带来了多种农产品种子，有力地促进了农耕的全面发展。到了清中后期，朝廷采取多种措施鼓励发展农耕，多次以政府行为推动新品种的种植。如光绪二十四年（1898年）三月，户部与工部联合提出“以赡国用”一折，要求全国各地根据土壤及气候条件“广种蚕桑、葡萄、棉花、甘蔗、竹、樟、橡、烟”。并特别表扬了广西广东及廉州府的引种成果。由此可知，今天合浦农业生产中的几大特产：甘蔗、蚕桑、烟（在二十世纪七十年代前合浦农村大量种植，后因政策性停种）都是在此时发展起来的。
嘉道年间，廉州府的重要事件有：嘉庆元年（1796年）十一月，广东沿海巡防分为东、西、中三路，西路为高、廉、雷、琼所属洋面，因海盗船常在江坪、白龙尾一带隐藏作案，朝廷令海安、海口二营各出兵船三十号，分作两批，赴龙门、硇洲、涠洲等处巡缉。
嘉庆七年（1802年）十一月，合浦南康圩天地会陈公道准备起事。
嘉庆九年（1804年）二月，合浦蒋正儒，林定帮等结拜天地会，拟于三月初六日起事，事泄被官府追捕，三十余人被杀。
嘉庆十四年（1809年）八月，为断绝海盗粮食接济，官府令凡廉州府开往琼州的米船都要以十船或八船结伴同行，并为米船配置火枪兵，每船由三名增至八名。
嘉庆二十一年（1816年）六月，廉州府准建廉湖书院，至二十三年建成。
嘉庆二十二年（1817年），廉州府建珠场书院。
嘉庆二十三年（1818年），朝廷核定廉盐发往各府、州、县的价格。每包150斤，合浦最低价为1.7093两，河池价为5.2617两。
道光元年（1821年）木薯种植传入高州后，再 由廉州向广西境内传播。
道光二年（1822年）三月，合浦县大饥。闰三月，朝廷令边远地区充军流徙人犯，由该道就近审转，廉州府照行。
道光十一年（1831年）六月，廉州府推行民间垦田免税，发给印照，永为世业制，广州等也援例办理。
道光十二年（1832年）十一月，廉州府白龙尾洋面有盗船三十余只，海盗数百人大肆抢劫商船，并延及合浦、钦州洋面，聚集涠洲岛为据点。道光帝喻：廉州府与越南相连，廉州府可咨与越南合力会剿。
道光十三年（1833年）三月，廉州府出动水师生擒越南国巨盗陈加海（阮保）及海盗共70余名，斩杀多名。其中有在廉州冠头岭外洋面游弋窥视的海盗主谋林致云筹。又在钦州竹山洋而捕获10余名，洋面肃清。
道光十四（1834年）五月，广东学政李泰交自杀案，牵出合浦知县何正机及童生多人的科场弊错案，后纠正。
道光十九年（1839年）十二月，移高廉道暂住澳门，查办洋务。是年合浦于县城建龙门书院。
道光二十二年（1842年），是年海盗梁阿乔等攻占龙门，劫去龙门副将官印，准备进攻合浦县城，廉州知府率兵将之打败，梁阿乔投降。
道光二十四年（1844年）八月，朝廷令广东海巡中路由虎门伸至白龙尾。廉州府照行。
道光二十九年（1849年），合浦方晚等起事，占据石康。道光三十年（1850年）四月，合浦方晚、博白刘八由石康围攻合浦县城，后又围攻钦州城八天八夜。五月，署廉州知府李山荣因合浦、灵山被围时不亲自前往救援而被撤职查办。
三代烟云珠城书香
咸丰、同治、光绪三代，是史家所称的清后三代，是清王朝急剧衰落的时期，与清前三代（康熙、雍正、乾隆）的兴盛形成了鲜明的对比。这一时期内，咸丰年间，太平天国起事，战乱纷扰；同治年间，外患加剧，天灾人祸不断；光绪年间，中法战争爆发，海盗横行，八国联军入侵清王朝急剧衰落破败。廉州府因海丝路交通之利，对外贸易却能乘势而起，因此催生了廉州老街和北海骑楼老街，成为后世的见证。而此间最突出的就是书院建设。
光绪元年（1875年）建香坪书院（址在北海，时属合浦，后改为香坪学堂），七年（1881年）建文德书院（址在灵山平睦，时属合浦），十九年（1893年）建味经书院于东湖（即今合浦师范旧礼堂），二十五年建大朗书院（址在浦北小江镇，时属合浦）。光绪三十年（1904年）五月，中国科举史上最后一次科举结束，此后推行学堂制度。是年，海门书院改为廉州府中学堂，龙门书院改为合浦立高等小学堂。此时，尽管书院改学堂已全面推行，廉州府内不建立了珠江书院，文治书院、进诚书院和浦江书院。
清代廉州府共建各类书院不下二十家，这些书院的建立，奠定了廉州作为“东南文物昌盛一大都会”的文化基础条件，同时也为后世的近、现代学校制度的推广提供了可靠的物质条件。
光绪二十二年（1896年），清政府开始谁行学堂制度，各省的大小书院一律改为兼习中、西的学校，其改革模式是：省会大书院改为高等学堂，府城的书院改为中等学堂，州、县书院改为小学堂，义学、社学也在改革之列，都要兼习中、西。同时规定，民间祠庙不在祀典者一律改为学堂”。
但是，几千年形成的私塾书院制度不是轻易可以改变的，就在清政府推行学堂制度之后，合浦县仍然先后建立了龙文书院和大朗书院。直到光绪三十年（1904年）廉州府衙门才将海门书院改为廉州府中学堂（即今廉州中学），将龙门书院改为合浦县官立高等小学堂（即今廉州中心校）。改革后的学堂除了国文、经史之外，还增加算学、体操课程。这算是珠乡新型学堂的开始。但由于科学制度的存在，学堂的教学依然要围着科举考试转，实际上是换汤不换药。
光绪三十一年（1905年）四月，在全国推行学务公所的改革中，合浦县学务公所成立。这是近代教育管理机制的萌芽，也是推行现代教学的机构。同年，廉州府衙门将味经书院改设为工艺讲习所（即今合浦师范旧礼堂），这可以说是具有技工学校的性质了，由此也拉开了合浦新型学堂改革的序幕。
光绪三十二年（1905年），合浦县设附城第一、第三初等小学堂，在乾江圩设乾体高等小学堂，县城有罗江家族两等小学堂和进城两等小学堂。石康有三益高等小学堂。同年，合浦师范传习所成立，此为合浦师范教育的开始。由于举制度已于光绪三十年（1904年）废止，全国还有举人、贡生数万人，生员数十万，是年清政府为此专门制订了安置这些举人、贡生、生员的章程办法。从根本上断绝了科举考试，有力地促进了近代学校的建立及近代教育方式的推广。是年，合浦县立案的学堂共有12家，包括公立三益学堂，上八团两个高等小学堂，公立珠江两等小学堂，私立吴氏家族两等小学堂，私立郭李氏家族初等小学堂，大廉区立高等小学堂，珠瀛学堂，文治高等小学堂、进诚两等小学堂、福旺区立高等小学堂（时属合浦）、寨圩区立归德高等小学堂（时属合浦），平睦区立高等小学堂等。
光绪三十三年（1907年），广东在合浦县城成立“钦廉法政学堂”时合浦属广东辖）。同年，合浦县又建第二、第四初等小学堂、私立海汇初等小学堂、私立蔡氏家族初等小学堂。此外将香坪书院改为靖海区公立香坪学堂（址在北海市区，时属合浦辖），改珠江书院为珠江区立两等小学堂。光绪末年，建平睦区公立高等小学堂。在公馆建有文治书院（公馆中学前身）、进城书院、浦江书院。宣统元睥建附城区第五初等小学堂、进城区公立龙文两等小学堂、宣统二年建永安区私立崇实初等小学堂。宣统三年，清王朝灭亡。至此，清后三代廉州共建学堂38家。
后三代期间，廉州府发生了许多在近代史上有影响的事件，包括：咸丰年间天地会方晚、刘八中清军反间计，自相残杀，清军乘机围捕，方晚在石康多蕉被擒，刘八在大曲岭被擒，余部2000余人投奔太平军。
同治年间广东肇庆府等处土、客械斗，多年成仇，广东巡抚派兵弹压，强将2万客家人迁往高、雷、廉、琼安置。设廉州北海关，并于钦州、电白水东、石城（廉江）安铺、遂溪县赤坎、海康县雷州及吴川、石城、遂溪三县交界的石门头等六处设立北海分卡。又于钦州平艮、长墩、防城三处，设立北海稽查子卡。
光绪年间，冯子材督办钦、廉一带防务；廉州考棚街教案；廉州府开采石头埠煤矿；朝廷派兵镇压高、钦、廉、带会党；中国同盟会黄兴军在钦、廉、上思一带转战40余日，是为“钦廉战役”；合浦同盟会员罗侃廷率起义军300余人，并策动新军起义，成立廉州都督分府等。因篇幅所限，详情请参阅《合浦历史纪杂录》及本报500题连载了。
